（一）关于领事裁判权的特殊规定。与中英条约相比，中美《望厦条约》对领事裁判权作了更明确、更具体的规定。《望厦条约》第25条规定：不仅美侨与中国人或美侨之间的民刑案件，甚至“若合众国民人在中国与别国贸易之人因事争论者，应听两造查照各本国所立条约办理，中国官员均不得过问”。根据这一规定，此后外国侨民即可在中国任意胡为，而中国法律无论从哪个角度都不能对其约束。这样，中国的司法主权遭到更进一步的破坏。
（二）关于协定关税的特殊规定。在中英《南京条约》中，只规定了中国海关税率“秉公议定”。中美《望厦条约》第2条较此作了更明确的规定：“倘中国后欲将税率变更，须与合众国领事等官议允。”关税自主是任何一个独立国家的最重要的主权之一，关乎国家的工农业生产及商业贸易等经济命脉。《望厦条约》较《南京条约》更进一步地确立了片面的协定关税的原则。从此，中国将不能自主地调整关税税率，中国的关税自主权被破坏净尽。
（三）关于侵犯中国领海权的规定。中英《南京条约》规定，英国军舰可在每个通商口岸停驻。在此基础上，中美《望厦条约》第32条又作了进一步的规定：“嗣后合众国如有兵船巡查贸易至中国各港口者，其兵船之水师提督及水师大员与中国该处港口之文武大宪均以平行之礼相待。”其第26条还规定：“合众国贸易船只进中国五港口湾泊，仍归各领事等官督同船主人等经营，中国无从统辖。”据此规定，美国兵船得以自由出入中国领海并在中国沿海各港自由停泊，中国水师无权过问。而根据经由中英《南京条约》规定，并经《望厦条约》本身进一步体现的“利益均沾”的原则，复被西方列强援引。此后，欧美列强的军舰兵船畅行中国海疆，随意停靠中国海港，中国的领海权几乎不复存在。